设立主管边疆地区少数民族事务的中央机构理藩院，并颁布律知令，以加强民族地区的统治。1636年设立管理少数民族的中央机构蒙古衙道门，1638年更名为理藩院。

清朝(1636年-1912年)是中国历史最后一个大一统封建王朝，传十二帝，享国276年。1616年，建州女真部首领努尔哈赤建立后金。1636年，皇太极改国号为大清。1644年明朝灭亡，驻守山海关的明将吴三桂降清，摄政王多尔衮率领清军入关，同年顺治帝迁都北京，从此清朝取代明朝成为全国统治者。在随后的二十余年间平定大顺、大西、南明等政权。后又平定三藩之乱、统一郑氏台湾，逐步掌控全国。