鸡蛋卵壳颜色不同的原因有：

原因一：蛋壳的颜色主要是由一种称为卵壳卟啉的物质决定的。普通母鸡血液中的血红素代谢可产生卵壳卟啉，因而蛋壳可呈浅红色，而来航鸡与白洛克鸡不能产生卵壳卟啉，因而蛋壳呈现白色，颜色完全是由遗传基因决定；

原因二：鸡种和鸡饲料不同会导致鸡蛋卵壳颜色不同。大型鸡饲养场中所用的饲料含色素较少，且拌有白色鱼粉，故蛋壳多呈白色；而红壳蛋一般是由散户养的鸡所生，喂养饲料品种复杂，且饲料中含有叶黄素较多，所以，蛋壳呈红色；

原因三：一般产蛋初期壳色最深，然后逐渐变浅，产蛋量高的母鸡其蛋壳颜色较浅；

原因四：蛋壳颜色的深浅可以通过选育改变。