企业版支付宝删除交易的方法如下：

1、网页登录支付宝账户。

2、在支付宝首页点击“交易记录”，找到需要删除的交易。

3、在需要删除的交易记录栏右上角的编辑栏里，点击“删除”。

4、在弹出来的页面框中点击“确认”，交易记录进入回收站，点击“永久删除”，完成。