火车晚点三个小时可能是天气原因，下雪或下雨的天气对火车都有影响，为了保障旅客的安全，遇到不好的天气时，火车会降低行驶速度，可能发生晚点的情况。也可能是铁路线路施工，列车慢行，造成晚点。

某些车站的上下车时间过长，车站的停车时间一般在两分钟左右，但可能部分车站的人流量特别大，上下车的时间也开始延长，再依次往后推，火车就会出现晚点的情况。

让行，列车行驶有一个基本原则，就是普通列车需要给快车让行，列车也会随着晚点，导致后方整条路线的列车都晚点。

天气原因，如果自然天气条件恶劣，出现暴风雪、大雾等天气，行驶视野不佳，为了安全着想，也会减速慢行，一减速火车无法按照约定的时间进站，也会出现晚点的情况。