瑞士国旗上的十字架的含义是基督教的信仰，白色的十字架象征着和平、公正、自由、光明，红色的国旗底色象征着人民的胜利、幸福、热情，国旗的外形呈正方形，象征着国家在外交上采取的公正和中立的政策。

瑞士联邦国旗，与梵蒂冈城国国旗是世界上仅有的两面正方形国旗，其旗帜底色为红色，有人认为代表的是基督的血，有人认为代表的是伯尔尼地区的颜色。

关于瑞士国旗的来源有多种说法，一种是红底白十字旗是罗马帝国皇帝作为自由的象征赐予瑞士的，一种是起义军发动革命时认为民族自由解放事业是神圣的，有如神圣十字一样。