单位能从员工工资中代扣的费用，根据《工资支付暂行规定》第十五条规定，用人单位不得克扣劳动者工资。有下列情况之一的，用人单位可以代扣劳动者工资：

（１）用人单位代扣代缴的个人所得税；

（２）用人单位代扣代缴的应由劳动者个人负担的各项社会保险费用；

（３）法院判决、裁定中要求代扣的抚养费、赡养费；

（４）法律、法规规定可以从劳动者工资中扣除的其他费用。