甲鱼的整个内脏都需要去除。甲鱼的内脏里存在很多垃圾和细菌，烹饪前需要全部去除干净，否则不仅会影响烹饪的口感，而且还会引起身体不适，清洗干净后需要高温烹饪熟透再食用。

去除甲鱼内脏时，可以从裙边底下，沿周边割开，将盖掀起去除，还可以用刀尖在甲鱼的腹部切开十字刀口，挖出内脏去除。

清理甲鱼内脏时，要把多余的脂肪也一并清理干净，这样才能更好的去除腥味，同时，甲鱼的血液需要完全放干净，以免血液里的寄生虫影响人体健康。

甲鱼常年在沙土里活动，表面容易磨出一层老皮，在处理甲鱼时建议将这层老皮剥干净，以免影响食用口感及口味。