孙中山号召讨袁世凯和蔡锷发动护国运动。护国运动以云南首义为发端的反对袁世凯称帝捍卫民国的运动。

孙中山虽非护国运动的直接发动者和领导者，但他在护国战争酝酿阶段，就与黄兴、蔡锷、唐继尧、梁启超等由直接或间接的联系。护国战争期间，孙中山除了及时给全国指明斗争目标外，还具体领导中华革命党在鲁、豫、皖、苏、浙、闽、粤、赣、湘、鄂、川、陕等省发动起义，指示中华革命党要联合党内党外讨袁各派协同进行。孙中山1916年5月从日本抵上海后，即发表第二次讨袁宣言，倡言反袁各派应众谋救国，相互提携，勿争权利，共任讨袁之事；并使谋危民国者今后绝迹于国内。但护国运动的领导权实为西南地方实力派和资产阶级改良派所掌握。孙中山和中华革命党并未能控制局面，仅居于配角地位。