1、软件公司成本问题有软件支出与成本不匹配。

2、软件收入与成本不匹配。

3、同时开发多种项目时，成本归属界限模糊，难以划分。

4、软件公司应当建立一套完整的项目进程管理体系，对研发项目进行全过程、全方位控制，建立健全包括项目进度控制、项目质量控制、项目成本控制在内的管理体系，提高对项目成本的预测及管控能力，采用完工百分比发，核算软件开发项目的收入与成本。