南京总统府是明朝建的明朝初年曾是归德侯府和汉王府。

清朝为江宁织造署、江南总督署、两江总督署，后为太平天国天王府。

1912年1月1日，孙中山在此处宣誓就任中华民国临时大总统。

1912年4月，临时政府结束，在这里成立了以黄兴为留守的南京留守府。

1913年至1927年，这里先后成为江苏都督府、江苏督军署、江苏将军府、江苏督办公署、副总统府、宣抚使署、五省联军总司令部、直鲁联军联合办事处等机构。