1、在生物学角度上：转基因和嫁接的本质区别是基因是否变化。嫁接植物所得到的果实，表现的是母株的基因，而转基因是人工合成指定的DNA片段，再转入特定生物中，改变了生物的性状。

2、在繁殖对象上：嫁接主要是植物的繁殖方法，而转基因可以作用于植物、动物、微生物上。

3、在应用上：转基因更具针对性， 基因片段的植入直接决定的要达到的目的， 目前，转基因技术已广泛应用于医药、工业、农业、环保、能源、新材料等领域。

4、在技术上：嫁接的技术要求不高，转基因则是目前科技术的前沿领域。

5、在发展史上：嫁接已经有了几千年的历史，转基因是上个世纪才兴起的技术，目前还尚不成熟。