1、反应物不一样，三羧酸循环反应物是乙酰辅酶A、草酰乙酸等等，氧化磷酸化主要是NADH、FADH2等。

2、中间产物不一样，三羧酸循环的中间产物有α-酮戊二酸、苹果酸等等，氧化磷酸化有QH等。

3、反应酶也不一样，三羧酸循环的反应酶类有柠檬酸合酶、α酮戊二酸脱氢酶等等，氧化磷酸化有琥珀酸脱氢酶、细胞色素氧化酶等。

4、终产物也不一样。三羧酸循环主要产生GTP、NADH、FADH2、CO2等，而氧化磷酸化是将NADH、FADH2等进一步用于电子传递和质子梯度，最终要O2作为电子受体，将质子梯度用于合成ATP。