南京市机动车违法扣分，处理可以到南京市各交警大队或者南京市车管所去处理。根据公安部在2009年4月1日起施行的《道路交通安全违法行为处理程序规定》：第四条：交通警察执勤执法中发现的违法行为由违法行为发生地的公安机关交通管理部门管辖。第五条：交通技术监控资料记录的违法行为可以由违法行为发生地、发现地或者机动车登记地的公安机关交通管理部门管辖。