蛋白质分离器的作用就是分解食物残渣以及鱼类粪便所产生的有机物。在鱼缸中生物的排泄物以及食物残渣会被腐生细菌分解为氨。氨对于鱼缸中的生物是有害的，而氨的存在对于海水鱼缸中的珊瑚以及鱼儿的危害更甚。

蛋白质分离器主要是利用了机器底部抽水的同时抽入空气所产生的泡沫，以其表面张力来吸附水中的可溶性有机物以及杂质所产生的蛋白质，通过气泡顶入蛋分的污水收纳盒。（一般会变为黄色液体，定期清理掉就是）以这种效果来净化水质。其意义就是：减少了蛋白质在海水鱼缸中的含量，进而控制氨的量。还有一个作用就是由于蛋分机器底部的水泵的冲击，也会增加水中溶氧量，这会使得过滤槽硝化细菌繁殖更加有利。事实上蛋白质分离器也最多只能除去鱼缸百分之五十作用的蛋白质以及其它杂质，还是有一部分需要鱼缸本身过滤系统产生的硝化菌来净化。