在全国环境微生物专业中，以下五所大学比较好，属于全国一流水平:

1、武汉大学：环境微生物方面在大学中是一流水平；

2、江南大学：环境微生物的发酵方向无人能敌；

3、山东大学：在环境微生物发酵及理论方面很有水平；

4、中山大学：环境微生物生物防治方面很好，有国家生防重点实验室；

5、云南大学：放线菌方面研究很领先，有国家放线菌研究重点实验室。