回族是形成于元朝时期。清朝时期，居住在现新疆境内，是维吾尔族的祖先。清康熙年间，回部大小回卓叛乱，被康熙帝派兵收服，后设立伊犁将军管理新疆事务。清光绪年间由慈禧下令，命左宗棠收复新疆，不包括伊犁在内。伊犁是后来曾国藩的儿子曾纪泽与俄国签订赔偿条约才换过来的，清政府在收复新疆后设新疆为行省。