分两种情况：

一 、合同规定运费由购货方承担，运输公司将运费发票开给购货方，且三方有代付运费协议，销货方代垫运费。

购货方会计分录如下：

购进材料，并收到代垫运费发票

借 原材料

借 应交税金——应交增值税——进项税

贷 其他应付款——应付运费

支付运费

借其他应付款——应付运费

贷:银行存款

销货方分录如下：

付运货款时:

借:其他应收款——代垫运费

贷:银行存款

把发票转出 ,收回代垫运费及货款:

借：银行存款

贷：应收账款

其他应收款——代垫运费

二、 如果运输公司直接把发票开出，在销货的同时收取的全部款项中包含此运费，则此运费为价外费用并入销售额，不用再单独收取

付运费时:

借:销售费用

应交税费——应交增值税——进项税

贷:银行存款