1、因为试管婴儿技术本身存在缺陷，决定了这一技术的应用也是存在风险的。例如，通常为了获得数日较多的成熟卵子，都会对患者使用促排卵药物，这会导致卵巢过度刺激综合症，引起卵巢功能早衰，同时也可能增加卵子携带变异基因的几率，而且取卵过程本身也存在对女性身体造成损伤或感染的可能。

2、由于试管婴儿成功率较低，为了提高受孕成功率，大多采用一次植入多个胚胎的方法。但是这会导致多胎率上升。而多胎会增加婴儿早产、体重过轻、孕妇并发症的风险。如果胚胎植入后有不止一个胚胎在正常发育，可以通过人为减胎来降低多胎率，但是减胎过程本身也同样是存在风险的。比较好的解决办法是结合胚胎冷冻技术，实施单胚胎移植。当一个疗程不成功时。取出冷冻胚胎进行下一个疗程。

3、虽然没有直接证据表明试管婴儿比普通婴儿先天,缺陷率高，或在智力发育方面有差异。但通过试管婴儿技术，尤其是ICSI技术来实现体外受精时。增加了将精子携带的缺陷基因遗传给后代的风险。而且对于那些由不明原因造成的不孕不育，使用试管婴儿技术有可能会使不．明缺陷基因也有机会在整个人类的基因进化中保存并流传下去，由此对后代造成的可能影响仍难以预计。

4、对于PGD技术以及由此衍生出来的PGS、PGH其他技术，都是基于对多细胞胚胎中的一个卵裂球作遗传诊断后的判断。但是由于胚胎染色体镶嵌型现象的存在，所以诊断的风险在于选取的那一个细胞是否能真实反映整个胚胎的特性。假阴性结果会导致误选畸形胚胎，而假阳性结构会导致正常胚胎被弃用。