40年产权公寓二手税费如下：

1、契税，一律按总价的3%缴纳，不分面积大小。

2、增值税及附加，按总价或者按差额的5.6%缴纳，不能享受普通住宅那样购入满2年可免征的政策。

3、个税，按总价的2%或者按差额的20%缴纳，也不能享受普通住宅那样“满五唯一”（购入满5年、为家庭唯一住房）可免征的政策。

4、土地增值税，或者按总价的5%征收，或者按30%—60%的差额累进税率征收。

因为40年初产权商住公寓存在自身难以改变的缺陷，比如不能落户，生活成本较高，未来接手人群比较少，增值落后住宅一大截，后期维护成本高等问题。所以在买“40年公寓”前，一定要考虑好，问清当地的政策，具体城市具体分析，不排除个别商办项目有利好的，但总的来看，商办局限性还是很大的。