也叫生物光学标记，是指用具有光学特征的标记物标记生物分子，从而达到检测、识别的目的。根据应用的光学特征不同通常可分为荧光分子标记、荧光蛋白标记、生物发光标记、化学发光标记等。从标记目的来分则包括生物分子标记、生化标记、细胞学标记、形态学标记等。

生物光学标记，因为采用了光学的方式，借助于发展成熟的光学高灵敏检测仪器可以实现高对比度、高解像度、高灵敏、高信噪比、方便快捷的检测，在生物标记发展之初就被选作为主要的生物标记方式。