症状一、排脓，排脓是其主要症状。一般来说，新生成的瘘管排脓较多，脓汁粘稠，黄色、味臭;瘘管日久的排脓相对较少，或时有时无，稀淡如水;若脓量增加，则表示新瘘管生成。瘘管有时会暂时封闭，不排脓液，从而出现局部肿痛，体温上升，以后封闭的瘘口破溃，又排出脓液，也可从瘘口排出气体或粪便。

症状二、疼痛，这也是最明显的症状，肛瘘的疾病都会有发肿的现象，特别是走路也会加重，有了发肿的现象后，在大便的时候就会出现疼痛的感觉。

症状三、瘙痒、硬结或瘢痕，肛门部皮肤由于脓液及其他排出物刺激，常感觉皮肤瘙痒。由于瘘管壁及瘘口的反复刺激，使纤维组织增生，在管壁和瘘口形成质韧的结缔组织，常表现为瘘管周围皮肤变色，表皮脱落，凹陷变形，触及条索状硬结通向肛门内。