主要河流有闽江、九龙江、晋江、汀江。

闽江，中国福建省最大独流入海河流。发源于福建、江西交界的建宁县均口镇。建溪、富屯溪、沙溪三大主要支流在南平市附近汇合后称闽江。穿过沿海山脉至福州市南台岛分南北两支，至罗星塔复合为一，折向东北流出琅岐岛注入东海。九龙江，九龙江，亦名漳州河，是福建省仅次于闽江的第二大河流，最早名柳营江，因六朝以来戍闽者屯兵于龙溪，阻江为界，插柳为营故名。晋江是泉州市第一大江，下游是福建省著名侨乡，也是福建省经济最发达地区之一，水资源对于晋江流域可持续发展尤其重要。汀江，闽西最大河流，为广东省韩江的上游。发源于宁化赖家山，南流纳武平小澜溪，至上杭纳旧县溪，经永定纳黄潭河和永定河，然后进入广东大埔县汇为韩江。