正统的明朝并不是被清朝灭亡的，而是被李自成的农民起义军攻克北京推翻的。明朝晚期，因东林党争和天灾外患，导致国力衰退，爆发明末农民起义，1644年李自成攻入北京，崇祯帝自缢殉国，明朝覆灭，明朝宗室在江南建立南明，随后清朝趁乱入关，击败大顺、大西、南明弘光、隆武、绍武等诸政权，1662年永历帝被杀，南明覆灭，1683年清军攻占台湾，奉明为正朔的明郑覆灭。