豆腐上的红色霉菌是红曲霉菌。红曲霉菌为真菌门，子囊菌纲，真子囊菌亚纲，红曲霉属。古籍中对它的特殊功效及在食品上的应用早有记载。红曲霉作为中国传统食品的发酵用菌，是目前世界上唯一被批准可用于生产可食用色素的重要微生物。红曲霉有库曲、轻曲、色曲3个品种。库曲主要酿制黄酒、果酒和药酒，轻曲用于腐乳、酱菜、果酒、药酒及食品着色，色曲用于食品着色。并且红曲霉能够产生多种对人体有益的代谢产物，其代谢产物还有药用价值。