单位追讨工程款的注意事项有：

1、收集当事人诉讼主体资格的证据;

2、保存好证明建设工程合同关系成立的证据;

3、保存好证明建设工程合同履行情况的证据;

4、提交诉讼请求的计算依据。

根据《关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第二条，建设工程施工合同无效，但建设工程经竣工验收合格，承包人请求参照合同约定支付工程价款的，应予支持。