如果是在不使用的情况下，建议还是盖上最好。根据以往的生活经验发现，马桶在不用时即使之前清理的很干净也会传出难闻的异味。这主要是因为马桶的管道是通向室外的，外界的气压变化也是时常发生的，这样就很容易出现马桶管道返味的情况。所以，为了不受到难闻异味的侵袭，还是盖上好一点。

如果冲水时马桶盖打开，马桶内的瞬间气旋最高可以将病菌或微生物带到6米高的空中，并悬浮在空气中长达几小时，进而落在墙壁和物品上。现在大部分家庭中，如厕、洗漱、淋浴都在卫生间里进行，牙刷、漱口杯、毛巾等与马桶共处一室，自然很容易受到细菌污染。因此，应养成冲水时盖上马桶盖的习惯。