基因的多样性是生物种类的多样性的实质。生物种类的多样性即是指物种的多样性，每一物种多样性具多样化，而且不同的物种性状更是千差万别的。但生物的性状都是由基因控制的，所以生物种类的多样性实质就是基因的多样性。

基因的多样性生物的各种特征是由基因控制的，生物的细胞内有成千上万个基因。由于不同的基因有差别，同种生物的个体之间，在基因组成上也是不同，因此，可以说每个生物都是一个丰富的基因库，种类的多样性实质上是基因的多样性。

生物多样性通常有三个主要的内涵，即生物种类的多样性、基因（遗传）的多样性和生态系统的多样性。

基因的多样性是指物种的种内个体或种群间的基因变化，不同物种（兔和小麦）之间基因组成差别很大，生物的性状是由基因决定的，生物的性状千差万别，表明组成生物的基因也成千上万，同种生物如兔之间（有白的、黑的、灰的等）基因也有差别，每个物种都是一个独特的基因库．基因的多样性决定了种类的多样性，不同种类的生物与环境又构成了不同的生态系统，因此生物种类的多样性实质是基因的多样性。