生长部位不同：鳞癌就是指癌症发生于鳞状上皮细胞，人身体中有鳞状上皮覆盖的部位有很多，大致可以分为食管以上的大部分为鳞状细胞覆盖，但是也有例外的，比如宫颈、阴道、阴茎等会阴各处。腺癌是发生于腺上皮细胞，多见于消化道、乳腺、各种分泌腺体、肝、气管、子宫体等。

临床表现不同：鳞癌有高分化的，有电低分化的，但是大部分鳞癌发展速度慢，病程长，如果鳞癌发生转移，一般首先经淋巴道转移，而后才是血行转移(但不是绝对的)。腺癌恶性程度一般高，发展速度快，病程短，肿瘤常与正常组织界限不清。晚期可发生多发的转移，导致病人生存质量急剧下降。

侵犯及转移途径有区别：鳞癌：比如皮肤的鳞状细胞癌呈菜花状，易出血，边缘不死平，对于放射治疗敏感，但是也可以出现放疗抗拒，导致病情进展。腺癌：浸润和转移能力强，一般原发病灶小即出现转移，比如肺腺癌可伴随有癌性淋巴管炎。

对于治疗敏感程度不同：一般来讲，鳞癌对于放疗敏感，比如皮肤鳞癌、鼻咽部鳞癌、食管鳞癌等都可以放疗根治。相较于鳞癌，腺癌对于放化疗敏感性不强，一般中晚期不能手术的病人，放化疗疗效相对于鳞癌有差别。