等位基因在结构上的区别有两点，分别是：

一、等位基因的根本区别是脱氧核苷酸排列顺序不同。

1、等位基因是指：同源染色体上，相同位置，控制相对性状的一对基因。

2、基因是指：是具有遗传效应的DNA片段。基因的基本组成单位是4种脱氧核苷酸，脱氧核苷酸排列顺序不同，则基因不同。

二、等位基因上的遗传信息不相同。

1、遗传信息是指：基因中的碱基排列顺序（或脱氧核苷酸的排列顺序）。

2、等位基因的碱基排列顺序是不同的。