关于日本列岛上被确认过的人类历史，大约可以追溯到3万年前至10万年前。约1.2万年前左右，因末次冰期结束而开始急剧温暖化，使得人们的文化与生活产生极大变化，全岛进入下个绳文时代。在日本神话中，太阳神天照大神的后裔神武天皇于公元前660年建立日本国并即位为天皇。

约1.2万年前左右开始被称为绳文时代，分为草创期、早期、前期、中期、后期、晩期这6期。这个时候的人们制作绳文式陶器、早期以后迈向定居化，大部分住在半地穴式房屋（竖穴式住居）。使用弓箭狩猎、贝冢渔捞、采集植物等经营生活，使用打制石器、磨制石器、骨角器等等。也进行栽培，后期到晩期间种植稻。