腐乳的制作主要是利用了微生物发酵的原理，主要参与的微生物是青霉，豆腐上生长的白毛是毛霉的白色菌丝，严格地说是直立菌丝，豆腐中还有匍匐菌丝，豆腐中的蛋白质和脂肪经微生物分解为小分子肽，氨基酸和甘油、脂肪酸等，再经加工腌制成为腐乳。