生物碱分离的方法有两种，分别为：

1、利用碱性差异进行分离：将总生物碱溶于氯仿等亲脂性有机溶剂，以不同酸性缓冲液依pH由高至低依次萃取，生物碱可按碱性由强至弱先后成盐依次被萃取出而分离，分别碱化后以有机溶剂萃取即可。

2、利用溶解度差异进行分离：利用氧化苦参碱极性稍大难溶于乙醚，苦参碱可溶于乙醚的性质，将苦参总碱溶于氯仿，再加入10倍量以上的乙醚，氧化苦参碱即可析出沉淀。