分子标记种类有很多：

第一代分子标记以RFLP为代表，是基于酶切位点的多态性开发的分子标记；第二代分子标记以SSR为代表，是基于简单重复序列的多态性；第二代分子标记通过引物的特殊设计，能够扩增DNA上的相应位置的序列，根据多态性，进行下一步分析；第三代分子标记以SNP为代表，单核苷酸多态性；是基于高通量测序为基础的新一代分子标记技术。分子标记是生物遗传标记的一种。通过引物设计的不同，用PCR的方法在生物的基因组DNA上扩增出相关条带，通过电泳、软件识别、分析，可用作生物遗传信息的研究。