直到现代人们对日本人的起源依然有非常大的争议，其中有一种说法为日本人起源于秦代时期出海寻找蓬莱仙境的徐福和他带走的三千童男童女。

公元前219年，徐福曾给秦始皇上书，说海中有蓬莱、方丈、赢洲三座仙山，有仙人居住，可以得到长生仙药。秦始皇大为高兴，随后根据徐福的要求，派童男、童女数千人随他出海求取仙药。然而，等来的只是徐福空手而归。徐福自称见到海神，海神以礼物太薄，拒绝给予仙药。后又增派童男童女3000人及工匠、技师、谷物种子，令徐福再度出海，后徐福再也不曾出现。

因此现代部分学者猜测是徐福带着三千童男童女和工匠意外到达了日本岛，因没有找到传说中的仙药，怕招来烧身之祸就不曾再尝试寻找回去的路，这几千人繁衍生息形成了日本。