原因一、精神因素：多由精神紧张引起，如肛门直肠的神经官能症、阴部神经的症候群、坐骨神经痛以及尾骨神经痛反射至肛门而引起肛门疼痛。

原因二、异物及不良饮食刺激：如外伤、直肠内异物、辛辣食物及酗酒等均可刺激肛门，而引起疼痛。在饮食当中吃辛辣食物过于多或是过于勤的时候就会出现大便的时候肛门疼痛的现象。

原因三、肛门疾病：如痔疮嵌顿、炎性外痔、血栓外痔、肛裂、肛瘘等，均可引起肛门疼痛。 这些情况肛门疼痛的情况也会特别严重。