1、吏部：长官称吏部尚书，置吏部侍郎二人。

2、户部掌全国疆土、田地、户籍、赋税、俸饷及一切财政事宜。其内部办理政务按地区分工而设司。各司除掌核本省钱粮外，亦兼管其他衙门的部分政务，职责多有交叉。清还设有掌管八旗事务的八旗俸饷处及现审处。隶属于户部的机构有掌铸钱的钱法堂及宝泉局。掌库藏的户部三库。掌仓储及漕务的仓场衙门。

3、礼部：礼部下设四司，仪制清吏司，掌嘉礼、军礼及管理学务、科举考试事。祠祭清吏司，掌吉礼、凶礼事务。主客清吏司，掌宾礼及接待外宾事务。精膳清吏司，掌筵飨廪饩牲牢事务。

4、兵部：掌全国武官选用和兵籍、军械、军令之政。

5、工部：工部下设总部、屯部、虞部和水部四属部，洪武二十六年，改尚书二十四部为二十四清吏司，工部各属部分别改为营缮清吏司、虞衡清吏司、都水清吏司和屯田清吏司，职掌、设官仍前。

6、刑部：审定各种法律，复核各地送部的刑名案件，会同九卿审理“监候”的死刑案件以及直接审理京畿地区的待罪以上案件。刑部的内部组织机构的设置是按省设司。