脊椎动物亚门的动物的脊椎都包在骨头里面，是脊索动物门中最大和最先进的亚门。因大多数都具有代替脊索、由脊椎连接组成的脊柱而得名。并以此区别于无脊椎动物。

脊椎动物除了具有脊索动物门的三项基本特征：脊索、背神经管、鳃裂外，还 有几方面进步性的特征。体内出现了由许多块脊椎骨连接而成的脊柱，它代替了脊索，成为新的支持身体的中轴和保护脊髓的器官。在低等脊椎动物，脊索仍保留着作为支持结构，但出现了雏形脊椎骨，而在多数脊椎动物，则只在胚胎时期有脊索，以后就被脊柱所代替了，脊索逐渐退缩，仅留残余或完全退