南京公有住房买卖缴税流程为：

1、公有住房承租人在落实受买人后，先按当时的出售公有住房政策与公有住房的所有权人或受托人签订《公有住房买卖合同》。可售公有住房承租人即可凭《公有住房买卖合同》与买受人签订《公有住房出售合同》。

2、可售公有住房上市成交双方当事人在《出售合同》签订后的三十天内，应持有关资料，向房屋所在地区、县房地产交易中心办理交易过户审核手续。

3、原可售公有住房承租人在收到经区、县房地产交易中心审核的《市已购公有住房上市交易过户审核表》后。持有关资料向公有住房所有权人或受托人办理购房手续，并交纳公有住房购房款项和首期房屋维修基金。

4、可售公有住房上市出售买卖双方当事人凭《过户审核表》及有关资料按规定分别向财税部门和交易中心交清全部税费或保证金后三天内，凭税费或保证金交款凭证及有关资料向区、县房地产登记处办理变更登记手续，申领房地产权证。