生物性污染是指病原微生物排入水体后，直接成间接地使人感染或传染各种疾病。衡量指标主要有大肠菌类指数、细菌总数等。

生物性污染与其它污染的不同之处是它的污染物是活的生物，能够逐步适应新的环境，不断增殖并占据优势，从而危害其他生物的生存和人类的生活。特点是预测难，人们对外来生物在什么时候、什么地方入侵难以作出预测。潜伏期长，一种外来生物侵入之后，其潜伏期长达数年，甚至数十年，因此，难以被发现，难以跟踪观察。破坏性大，外来生物的侵入，在破坏了当地生态环境的同时，也破坏了该生态系统中各类生物的相互依存关系，可能造成严重的后果。