应该是驾驶证C1违章时，不能用C2扣；或者C2违章时，可以用C1扣。解释如下：

1、根据《机动车驾驶证申领和使用规定》附件文件《准驾车型及代号》可知：“C1”是“小型汽车”的准驾车型代号，准予驾驶的其他准驾车型是C2、C3、C4。

2、根据《机动车驾驶证申领和使用规定》附件文件《准驾车型及代号》可知：“C2”是“小型自动挡汽车”的准驾车型代号，准予驾驶的其他准驾车型是C3、C4。

3、因此从上述规定来看，如果小型汽车违章（不是自动挡的那种），是不能用C2驾照扣分的。而如果是自动挡汽车违章，肯定可以用C1驾照消除记分。