察隅县全县平均海拔2800米，县城所在地在竹瓦根镇吉公村海拔2360米，海拔最高处是察瓦龙乡与云南省德庆县交界的怒山山脉的梅里雪山，海拔6740米；最低在察隅河下游下察隅前门里（印占区），海拔仅600米。西北部是岗日嘎布山脉，北部是伯舒拉岭，西部有祁灵公山等。

察隅县属横断山脉西段地带的藏东南高山峡谷区。全县地势总的趋势是由西北向东南倾斜，西北高东南低，相对高度差达3600米，垂直高差悬珠。是典型的高山峡谷和山地河谷地貌。谷地海拔南部边缘只有1400米，而5000米以上的山峰有10多座，最高峰为6740米的梅里雪山。