农村合作医疗缴费后次年的1月1日开始生效，有效期截止到次年12月31日。现在农村合作医疗改革成新农村合作医疗了。新型农村合作医疗，简称“新农合”，是指由政府组织、引导、支持，农民自愿参加，个人、集体和政府多方筹资，以大病统筹为主的农民医疗互助共济制度。采取个人缴费、集体扶持和政府资助的方式筹集资金。

法律依据：

《中华人民共和国社会保险法》第二条，国家建立基本养老保险、基本医疗保险、工伤保险、失业保险、生育保险等社会保险制度，保障公民在年老、疾病、工伤、失业、生育等情况下依法从国家和社会获得物质帮助的权利。