1、体质敏感的人可能会过敏。如果是体质敏感的人可能会因为口服酵素而发生过敏反应，比如腹痛、出汗、便秘等等过敏反应。

2、自制水果酵素含糖量过高。自制水果酵素一般都是按照水果和糖的比例放入容器内密闭发酵而成，一般为了考虑口感等因素会放入较多的糖。

3、自制酵素过程会产生病菌。自制的水果酵素是不靠谱的，在制作过程中会使大量的微生物过度生长，在让有益菌生长的同时其他的病菌也会大量繁殖，对于人体健康存在隐患。