国有土地使用权转让纠纷的处理是，可以通过行政诉讼来起诉实施和主管的相关单位。法院会根据相关证据做出应有的判断，判决使用权归哪一方，如果是实施和主管部门有责任的话，需要对个人或者是企业做出一定的赔偿。

【法律依据】

根据《土地管理法》第十一条，土地使用权人未经有批准权的人民政府批准，与受让方订立合同转让划拨土地使用权的，应当认定合同无效。但起诉前经有批准权的人民政府批准办理土地使用权出让手续的，应当认定合同有效。