1、丧失斗志和指挥失误：杨秀清认为只要占领了南京，即使成不了事，也可占领黄河以南。洪秀全则多次称南京为“小天堂”，把“小天堂”作为奋斗的目标。在建都问题上，洪、杨都有偏安和及早享受的思想。太平军战略上由主动进攻转为被动防御。

2、农民阶级的局限性：农民阶级的分散性、守旧性，以及眼光短浅等毛病，在太平军中都有突出表现。

3、腐败严重：腐败从根本上动摇了太平天国政权的根基。太平天国的腐败是和建都天京同时产生的。尽管洪秀全曾经提出要建立一个没有以强凌弱、尔虞我诈的公平世界，然而洪秀全很难把这些平等思想付诸实践，只能按照封建王朝的等级制度，即《太平礼制》所规定的等级来规定自己所应该享受的待遇和特权。从而使腐败越来越严重。