药物一：对疱疹性咽峡炎的治疗，主要用一些抗病毒的药物。如果病情比较重孩子高烧，不能进食，可以静脉点滴阿昔洛韦，病毒唑之类的药，对病毒有效。病轻者可口服新博林或利巴韦林等抗病毒药物。

药物二：并且应对症治疗，如用一些退热药。中药可以口服抗病毒口服药、板蓝根冲剂、静脉点滴双黄连注射液。病程较长，使用药物至少7-10天。注意口腔卫生，保持口腔清洁。可用淡盐水漱口，用10%硝酸银涂于溃疡或用咽喉灵丹，冰硼散等吹播咽部以减轻咽痛症状。

药物三：抗病毒药物可试用利巴韦林(病毒唑)，口服或静脉点滴。部分中药制剂如双黄连、板蓝根、清咽冲剂等清热解毒药品也有一定的抗病毒疗效。口服维生素C及B等。抗生素对病毒性咽炎无效。但如有发热，应给予抗菌药物治疗，以便控制继发性细菌感染。