目前，南京博物院历史馆现拥有各类藏品42万余件（套），国宝级文物和国家一级文物有二千件以上，上至旧石器时代，下迄当代，既有全国性的，又有江苏地域性的；既有宫廷传世品，又有考古发掘品，还有一部分来源于社会征集及捐赠。青铜、玉石、陶瓷、金银器皿、竹木牙角、漆器、丝织刺绣、书画、印玺、碑刻造像等文物品类一应俱有，每一品种又自成历史系列，成为数千年中华文明历史发展最为直接的见证。

有绘画《历代帝后像》《唐明皇幸蜀图》，东海大贤庄旧石器，邱县大墩子彩陶器，仪征、丹徒、六合等地出土的西周和春秋时代青铜器立鸟镶嵌几何纹铜壶，盱眙出土的战国金兽，徐州和扬州东汉诸侯王墓出上的银缕王衣及“广陵王玺”金印，南京、丹阳一带六朝时代的青瓷器和“竹林七贤及荣启期”砖刻壁画，以及南京祖堂山南唐二陵的陶舞诵等等。