健那绿是碱性染液，分子量为511、07。线粒体可以在健那绿染液中维持活性数小时，故将健那绿作为线粒体专一性活体染色剂。线粒体中细胞色素氧化酶使健那绿染料保持氧化状态，呈蓝绿色，但在周围的细胞质中染料被还原成为无色状态。