河豚鱼的毒性是由其体内的河豚毒素引起的。河豚毒素是剧毒物质，不同性别、不同鱼体部分以及不同季节，河豚鱼所含毒素的量有所不同。一般来说，卵巢和肝脏含毒素量最多，毒性也最大，其次是肾脏、血液、眼、腮和鱼皮等处。春季为雌鱼的卵巢发育期，卵巢毒性最强，再加上肝脏毒性也在春季最强，所以春季最易发生河豚中毒事件。

河豚毒素是一种非蛋白质、高活性的神经毒素，微溶于水，易溶于醋，对光和热极稳定，即使是100摄氏度的沸水也不能将其完全破坏。人们食用河豚毒素后，轻则面部潮红、头痛、恶心、呕吐、腹痛、腹泻，继而感觉神经麻痹，重则四肢肌肉无力，舌头麻木，语言不清，甚至因全身麻木而瘫痪，严重者可导致呼吸衰竭而死。