入职协议书不能顶替合同，入职协议书是自己的一种求职的意向，在正式入职的时候，签订的是劳动合同。如果事实劳动关系成立，即使没有签订劳动合同，那么也视为成立事实合同。

【法律依据】

根据《劳动合同法》第三条，订立劳动合同，应当遵循合法、公平、平等自愿、协商一致、诚实信用的原则。